Direct sequencing of RNA molecules such as virus genomes could help to unpick role of mysterious chemical modifications in genetic material
Вперше сиквеновано повноцінний геном РНК-вмісного вірусу в його оригінальній формі. Раніше РНК сиквенували шляхом хімічної деградації радіоактивно міченої РНК – складним методом, який дозволяє отримати лише короткі послідовності. Сьогодні для сиквенування РНК, як правило, її спочатку конвертують до кДНК і дволанцюгової ДНК за допомогою ПЛР, після чого сиквенують вже власне утворену ДНК.
В представленій роботі розроблено «адаптер» до коротких висококонсервативних кінців геному вірусу грипу для спрямовування (-) смислової РНК вірусу групи до білкової нанопори на платформі для сиквенування Oxford Nanopore MinION. Використовуючи даний метод і тотальну РНК з алантоїсної рідини заражених курячих ембріонів, вдалося успішно сиквенувати повнорозмірний геном вірусу грипу з 100% нуклеотидним покриттям та 99% консенсусною ідентичністю з відомими послідовностями вірусу грипу. Використовуючи таку ж методологію, можна модифікувати «адаптер» для роботи з вірусними мРНК і (+) смисловими кільцевими РНК, які важливі для життєвого циклу вірусу.
Даний підхід має значний потенціал для виявлення і кількісної оцінки реасортацій та нуклеотидних модифікацій у вірусних геномах, які не можна надійно оцінити іншими існуючими методами.